En 2012, le volet postdoctoral du projet sur l’Avenir de l’éducation médicale au Canada (AEMC EMPo) (2010-2012) a mis de l’avant dix recommandations visant à adapter le système d’éducation médicale posdoctoral aux besoins changeants de la société tout en améliorant l’efficacité pour appuyer un système de santé plus durable. La recommandation 9 se lisait comme suit : « Intégrer les nombreux organismes (organismes de réglementation, organismes de certification, établissements d’enseignement, établissements de santé, etc.) qui jouent un rôle en matière d’EMPo dans une structure de gouvernance collaborative afin d’être efficace, de réduire les dédoublements et de clarifier les orientations et décisions stratégiques, tout en reconnaissant la complexité de l’EMPo et du système de santé dans lequel l’EMPo intervient. »
Le Conseil a été créé grâce à la mise en œuvre de cette recommandation durant le Projet de mise en œuvre de l’AEMC EMPo (2013-2016). Son lancement officiel a eu lieu le 1er avril 2016.
L’Association des facultés de médecine du Canada (AFMC) a été choisie pour agir comme secrétariat du Conseil pour les trois premières années.